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提出并实现一种基于局部回归的对齐算法，选择鉴定结果最多的一次实验作为参考，实现色谱保留时问的可逆对齐，将n次实验的对齐建模次数从n（n－1）／2次减少为”n－1次。该算法还实现不同实验间色谱保留时间的非线性对齐，并且能够克服少量从色谱柱中多次流出肽段的影响。研究结果表明：该方法计算时间复杂度远比现有算法的低，对齐精度也能够满足后续计算的需要。