目的探讨基于宏基因二代测序技术检测呼吸道病毒的临床应用价值。方法采用随机扩增法、脱氧核糖核酸纳米球、华大基因公司BGI-500测序平台及BWA算法为基础的比对法等技术进行呼吸道痰液标本病毒核酸提取物的二代测序分析,以痰标本中病毒序列数>100为入选标准,分析检出病毒的类型、序列数及丰度值等参数。结果根据入选标准,共收集到9例患者,其中77.78%(7/9)的患者合并存在免疫受损因素,如心外科术后、激素治疗、恶性肿瘤、HIV感染等,分别检测出不同病毒的核酸阳性结果如下:4例爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)、2例单纯疱疹病毒1型(HSV1)、1例巨细胞病毒(CMV)、1例人博卡病毒、1例腺病毒D型,另外,部分标本中合并检出细环病毒、猪内源性病毒E。Pearson相关性分析表明,在各项测序参数中,RPKM参数(每100万个序列每100bp碱基对,匹配上的序列数)与患者氧分压指标存在线性相关。结论呼吸道病毒感染多发生在合并免疫抑制因素的宿主,检出病毒类型包括EBV病毒、HSV1病毒、CMV病毒等,且部分患者可同时检出细环病毒、猪内源性病毒E。另外,RPKM可能与肺部病变严重程度有关,提示RPKM可能对于预测肺内病灶严重程度有一定意义。