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数据分析与挖掘是基因芯片研究的关键和难点，而软件是数据分析方法实现的主要手段。我们从以下几个方面对cDNA基因芯片分析软件进行了综述。首先介绍了芯片数据的获取及分析的软件，然后概述了不同统计软件在芯片数据分析中的应用，并详细介绍几种常用的芯片数据分析软件，最后简述了基因网络分析及数据挖掘方面的软件。