鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析

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本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(Fop)与基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0
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