论文部分内容阅读
序列比对算法在许多不同的领域得到应用。当前，一个重要的应用就是比对大分子，例如DNA和蛋白质序列比对。许多情况，有必要比对三序列。David R．Powell就提出过一种使用线性空位罚分的优化的三序列比对算法。这个算法最早是由Ukkonen提出的，该算法基于简单打分的两序列比对。该文通过引入“检查点法”对其进行改进，并充分利用近期蓬勃发展的高性能计算技术，对算法并行化，且在cluster机上实现。