目的:了解杭州和北京两城市5岁以下流动儿童的健康体检现状及其影响因素。方法:选取杭州市和北京市流动人口居住比例高的地区,对符合条件的5岁以下流动儿童看护人进行问卷调查,对流动儿童健康体检的影响因素进行单因素和多因素Logistic回归分析。结果:共收集到3028份5岁以下流动儿童看护人有效问卷,杭州和北京5岁以下流动儿童过去1年内健康体检次数达标率分别为46.4%和29.2%。单因素和多因素分析结果显示看护人低教育程度、低家庭经济收入与流动儿童低水平的健康体检率和体检次数达标率相关,建立儿童健康档案的流动儿童健康体检和体检次数达标的可能性分别是没有建立健康档案流动儿童的14.0倍和5.11倍。结论:两城市流动儿童的健康体检率和体检次数达标率均较低。流动儿童看护人的低教育程度、低家庭经济收入以及没有建立儿童健康档案等均可能是影响流动儿童健康体检状况的重要因素。