目的 了解上海地区近几年的流行性感冒(简称流感)病毒型与亚型分布及甲亚型流感病毒血凝素(HA)基因的进化.方法 采集2004-2008年上海地区5个流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者的962份咽拭子标本进行流感病毒分离鉴定,确定病毒型及亚型.对上海市不同年份、不同区域的甲型流感病毒散发、聚集性暴发分离株进行HA基因全片段测序,并与近几年世界卫生组织(WHO)疫苗推荐株进行比对分析,绘制基因进化树.结果 A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型,占阳性标本构成比为54.9%(162/295),但在2005年末至2006年夏季流行强度低,仅占阳性标本构成比分别为0%(0/16)和23.5%(8/34);A/H1N1在2005-2006年3个流行季节活跃,占阳性标本构成比分别达到21.4%(12/56)、43.8%(7/16)、76.5%(26/34),近2年分离株明显减少,占阳性标本构成比仅分别为0%(0/44)和5.0%(7/139);B型在2004年至2005年季节性流感中活动强度较高,占阳性标本构成比分别为42.9%(24/56)和56.2%(9/16),在2006-2007年季节性流感中未分离到,2008年流行强度又有增加,占阳性标本构成比为34.5%(48/139).2005-2008年,A/H1N1 HA基因进化树显示,同一年份HA基因成簇分布,序列相近;2004-2008年,A/H3N2 HA基因进化树显示,虽然同一年份序列相近,但相近序列进化枝插有相近年份的分离株,并且同一年份存有变异较大的序列.A/H1N1、A/H3N2流行株的序列与当年WHO的疫苗推荐株序列相似.结论 各年份流感流行的型与亚型分布不同,A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型.同一年份的A/H1N1、A/H3N2 HA基因序列成簇分布,但在A/H3N2同一年份的进化枝中插有相近年份的分离株序列,并且存在变异较大的序列.近年,WHO疫苗推荐株HA序列与当年流行株序列相近。