北京实验学校是从幼儿园到高中一体化的学校。学校在管理上坚持“民主管理与校长负责和谐、行政文化与学术文化并行、实体管理与服务管理分开、教育管理与教学管理一体、整体管理与分段管理融和、战略管理与激励管理并重、评聘分开与绩效考核科学”的原则。
　　1.学部主任负责制，降低行政管理重心
　　学校的行政管理采用校务委员集体领导下的校长负责制，包括幼儿园、小学、初中、高中四个学部，副校长任学部主任。学部主任对学部的教育、教学、行政、科研全面负责，直接管理年级组、教研组、备课组、班主任、任课教师，从而减少管理层级。学校实现扁平化管理，有利于明确各部门职责，更有利于推动学部工作的开展和教育质量的提升。
　　2.学术委员会制，推动专家治学治校
　　学校行政管理与学术管理分开，防止外行领导内行。学校成立学术委员会，由四个学部的教育教学管理干部、科研干部、特级教师、教研组长、年级组长等组成，每两周活动一次，内容包括专题培训、研讨交流、思维碰撞、工作反思、总结升华等。学术委员会代表学校行使学术权力，是体现“专家治学”的学术组织，是校长领导的一个重要抓手，也是专家治校的一个重要途径。
　　3.学生和家长参加学校一级管理
　　学校定期召开学代会和家代会，学代会和家代会代表参加校务会，校长、校务委员和小学、初中及高中家长代表参加会议，专题研究落实解决学委会与家委会的提案。
　　4.实现幼、小、中纵向管理一体化
　　学校设立德育、教学、后勤三个领导小组，由德育、教学、后勤副校长任组长，形成科学有效的15年一贯德育序列化管理体系、教学序列化管理体系、课程及科研序列化管理体系、后勤及安全序列化管理体系。
　　5.实现各学部横向管理一体化
　　推进学部领导负责制、教师双向选择制。实现按责任大小、工作量多少、质量高低决定收入多少的新绩效工资制度。优化管理和服务体制，创新绩效工资分配制度、奖励制度等，引领教职员工的参与意识、研究意识和成果意识。
　　6.建立幼、小、中人员流动制度
　　建立幼、小、中人员流动制度，共同开发和管理校内人力资源，各学部教学及管理人员定期交流，提升教育资源与人力资源品质，开拓管理视野，提升管理能力。