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外源基因遗传转化技术已成为棉花突变体创造、新资源创制以及新品种选育的重要手段。目前，常用的遗传转化方法主要有花粉管通道法、基因枪轰击法、农杆菌介导法和PEG介导法等。用于棉花遗传转化的外源基因有抗虫基因、抗病基因、抗逆基因、抗除草剂基因以及棉纤维品质基因等，当前主要是抗虫基因。遗传转化的主要体系有：以体细胞胚为受体的转化体系；以下胚轴为受体的转化体系以及最新发展的叶绿体转化体系。转基因抗虫棉的培育成功是棉花分子育种的重大突破。2005年，全世界转基因抗虫棉种植面积近1000万hm^2，占全世界棉花总种植面