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发展中国家自主创新主体的选择有别于发达国家。受到创新主体的规模、行业集中度、竞争对手及其市场分布、创新风险与创新投资回报等因素的影响，企业作为创新主体有时不能有效发挥作用。行业级创新主体扣国家级创新主体则能够有效弥补企业级创新主体的不足，其本质也是企业作为创新主体的理论延伸，即上述三级创新主体都将市场作为创新资源配置的基础要素。