《浪客剑心》的故事围绕红发剑客剑心展开，展现了维新后众多武士浪人的众生相。明治11年，日本东京。一名自称刽子手拔刀斋的男人出现在街头，他毫无理由地斩杀路人，引得人心惶惶。从先父手中继承了神谷道场的美丽女孩神谷薫不顾个人安危，鲁莽地走上街头寻找拔刀斋，危难关头，幸亏一个路过的男人将其救下。而这个男人，正是消失了已久的拔刀斋本人——绯村剑心。
　　自明治维新成功以来，他立下绝不再杀害一人的誓言，隐姓埋名，带着一把逆刃刀独自在各地流浪。而假冒拔刀斋之名作恶的，则是受雇于黑心实业家武田观柳的保镖鹈堂刃卫。武田光鲜的外表下包藏着统治世界的野心，为此他操纵女医师高荷惠制作鸦片，并用贩毒赚来的巨款四处购买武器。武田的罪恶勾当早已引起前幕府新选组成员斋藤一和现任明治政府警官藤田五郎的注意，但是在武田有实际行动之前他无法直接插手。与此同时，武田图谋攫取神谷道场附近的土地，为此他不惜残杀当地的百姓。
　　在神谷道场短暂的盘桓中，剑心切实感到了周遭人们的痛苦，于是他和吵吵闹闹的相乐佐之助联手，前往了有着250名护卫重兵把守的武田府邸……