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新制度主义的兴起为制度主义及其本身赢得了荣誉。尽管新制度主义脱胎于制度主义，但二者在具体的方法论上却存在显著差异。出于对行为主义的反思，新制度主义继承了早期制度主义对政治价值的关怀，保留了对价值的尊重及对政治现实与实践的综合考量。二者在方法论上的差异则表现在：整体主义与个体主义的各自偏好；“以静制动”与“以动制静”的差异选择；结构主义与理性选择的不同取舍。但对历史哲学的尊崇，似乎又成为二者相似性的核心。