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基因芯片技术是近年来迅速发展起来的一项生物技术.由于其具有大规模、高通量、平行检测等优势,已在多个领域得到广泛应用.根据新近的研究资料讨论该技术在药用植物中最新的应用情况,包括分离差异表达的基因及发现新基因、功能基因组学的研究、中药的鉴定、转基因药用植物的检测、药用植物作用分子机制及病害的相关研究等内容,并简要介绍其存在的问题及未来应用的展望.