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清凉峰国家级自然保护区有“浙西屋脊”之称，有高等植物1976种，脊椎动物283种，昆虫1800余种，是中国重要生物多样性的聚集地，也是濒危、珍稀物种的一个集中产地和长江三角洲地区重要的物种基因库。自建区以来，区内生物种群不断扩大，数量增多，天然林与高山草甸保存完好，一度难见的华南梅花鹿，其身姿在保护区范围内也频频出现。近5年来，保护区完成造林1300余亩，植树20余万株，森林覆盖率由建区时的85%增加到96%。作为钱塘江支流分水江的发源地，保护区径流保持“大雨不浑水，天旱不减流”的状态，生态系统趋于稳定。
注重资源保护，确保生物多样性安全
近年来，保护区编制、完善了一系列规划，完成了保护区一期、二期工程，第三期工程建设项目于2011年7月启动，目前正在实施当中，三期项目总投资近3000万元。通过几期项目建设，已在保护区三大区域建成保护站（点）10个、检查站4个、瞭望台2座、梅花鹿监测点2个、区间公路11.4公里、巡护林道62公里，新建防火林带近100公里、消防水池10座，配备消防专用车3辆，购置灭火器、灭火弹、油锯等防火设备，管理局至各保护站道路、供电、通讯全线畅通，更新添置界桩、功能区碑200余块，率先在浙江省自然保护区建成数字化远程视频监控系统，可监控区域达到全区面积三分之二以上。
在加强保护设施建设的同时，保护区不断强化组织领导，制定完善《浙江清凉峰国家级自然保护区管理办法》《浙皖清凉峰自然保护区护林联防公约》《浙江清凉峰国家级自然保护区处理森林火灾预案》等一系列规章制度，并优化管护体系，逐渐健全了以资源保护科、森警中队为主体，依托保护科—保护站—保护点和管理局、镇、村三级保护网络，组建完善森林扑火突击小分队。随着当前户外游的兴起，人们对良好的生态之地更加向往，梦想亲近自然的愿望也日渐急迫。2015年以来，保护区实行全年组织机关干部在周末上山值班并参与驴友管理，阻止驴友的非法入区近2000人次，减少人为因素对保护区生态环境的影响。局班子带队全员下乡开展保护、绿化造林等宣传工作，年均出动宣传车200余次，张贴森林消防宣传标语300余份，悬挂横幅、彩旗100条（幅），并在周边社区、中小学举办宣传活动10余次，积极组织开展植树月等活动，组织干部职工植树，为周边村提供造林技术支持，逐渐在周边群众中树立“绿我家园，人人有责”的理念。几年来，保护区联防工作进一步优化，保护宣传进一步拓展，资源破坏案件查处进一步加强，如对童玉村和安徽旌德县几个村民非法经销野生梅花鹿制品作出了处罚，对宁国市万家乡3个村民在保护区核心区狩猎进行了严肃查处，对童玉村一农妇非法从山上抱回梅花鹿幼崽并出售以及九园村一村民装“柴吊”致一头母鹿死亡，分别进行了司法判决。随着生态资源保护工作手段、措施进一步完善，生态资源破坏情况逐渐减少，确保了生物多样性的安全。
注重交流合作，强化科研监测及宣教能力
建区以来，保护区先后与浙江大学、浙江农林大学等院校共同合作科研项目并取得初步成果。首次在国内成功救护和饲养了一头野生华南梅花鹿幼仔，和浙江农林大学合作成立华南梅花鹿研究所，邀请中科院动物所首席研究员蒋志刚到保护区指导扩繁工作，改造梅花鹿重点栖息地4500亩，完成170余亩梅花鹿扩繁试验场围栏扩建，野生梅花鹿也由建区初的80多头增加到目前的200多头，且未出现原有生态环境受损等情况，还专门拍摄梅花鹿专题片《鹿鸣清凉峰》。与此同时，保护区修建1个100余亩的珍稀植物园，对延龄草、黄山梅等200余种珍稀濒危药用植物进行抢救性保护。在三大保护区域建成了3个各15亩的永久性样地，动态监控生物多样性及禽流感、松材线虫、外来物种入侵等情况，并两次组织相关专家组进行综合性本底调查，调查新增保护区高等植物名录440余种，新发表植物新种3个，发现并证实了世界极危物种“安吉小鲵”分布，发现并形成了国宝级昆虫——中华虎凤蝶及全球性易危鸟种——短尾鸦雀的影音资料。先后撰写、出版了《清凉峰植物》《清凉峰木本植物志》《清凉峰动物》《清凉峰昆虫》等保护区专题读本、画册、专题片10余套。修建1个0.9亩左右的科教馆，以清凉峰科技馆、龙塘山珍稀植物园等为平台，联合相关单位开展科普下乡、学生夏令营、世界环境宣传日、电视访谈节目、“揭秘动物世界探索多彩自然”等主题活动，年均开展野生动植物保护科普活动10次以上，接待各类参观、考察人员达到5万余人次。
注重社区共建，形成社区共管合力
保护区积极开展社区共建共管工作，将带动社区经济发展作为保护区提高管护能力的重要手段，积极扶持周边社区开展新农村建设，扶贫济困，捐资助学，补偿野生动物危害农作物损失，逐渐形成共存共融、协调有序的社区关系和良好氛围，2011年、2013年保护区率先在全省自然保护区中完成了对保护区核心区、缓冲区、实验区11.6万亩集体林租赁工作，有效解决了生态公益林补偿标准低的问题，壮大了保护区周边镇村的集体经济，提高了林农收入。清凉峰镇的浙川村，在没有实行森林生态效益补偿机制之前，集体经济几乎为零，森林生态效益补偿机制实行后，补偿资金就有271335元，租赁后又新增96020元，合计367355元，村民人均收入增加近千元。2013年，仅仅集体林租赁收入就达到近55.9万元。2014年、2015年随着补偿机制完善及补偿额度的提高，村集体和村民收入又有了进一步提高，村容村貌也大为改观，好的生态更是促进了当地农家乐的发展，调动了群众参与自然保护的积极性。此外，林政案件、违章用火的发案率明显下降，保护区与周边社区逐渐形成协调有序的社区关系和良好氛围，取得了社会效益与经济效益双赢，保护工作化被动为主动，顺利解决了自然生态保护与发展的深层次矛盾，确保了保护区林业资源的安全有序发展。
“十三五”期间，保护区将以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持以科学发展观统领规划工作全局，坚决贯彻十八届五中全会提出的“坚持创新发展、坚持协调发展、坚持绿色发展、坚持开放发展、坚持共享发展”的发展理念，进一步按照保护区“建设标准化、管理规范化、信息数字化”发展方向，不断提高清凉峰自然保护区生物多样性保护、科研宣教、基础设施建设、人才队伍及政策保障、景点开发、林场稳定发展等方面工作能力，高标准完成各级部门赋予保护区“十三五”的各项工作任务，推动保护区事业又好又快发展，将保护区打造成“物种基因宝库、生态文化名山、休闲度假胜地、养生保健天堂”，为实现中央提出的到2020年全面建成小康社会的总目标作出贡献。
注重资源保护，确保生物多样性安全
近年来，保护区编制、完善了一系列规划，完成了保护区一期、二期工程，第三期工程建设项目于2011年7月启动，目前正在实施当中，三期项目总投资近3000万元。通过几期项目建设，已在保护区三大区域建成保护站（点）10个、检查站4个、瞭望台2座、梅花鹿监测点2个、区间公路11.4公里、巡护林道62公里，新建防火林带近100公里、消防水池10座，配备消防专用车3辆，购置灭火器、灭火弹、油锯等防火设备，管理局至各保护站道路、供电、通讯全线畅通，更新添置界桩、功能区碑200余块，率先在浙江省自然保护区建成数字化远程视频监控系统，可监控区域达到全区面积三分之二以上。
在加强保护设施建设的同时，保护区不断强化组织领导，制定完善《浙江清凉峰国家级自然保护区管理办法》《浙皖清凉峰自然保护区护林联防公约》《浙江清凉峰国家级自然保护区处理森林火灾预案》等一系列规章制度，并优化管护体系，逐渐健全了以资源保护科、森警中队为主体，依托保护科—保护站—保护点和管理局、镇、村三级保护网络，组建完善森林扑火突击小分队。随着当前户外游的兴起，人们对良好的生态之地更加向往，梦想亲近自然的愿望也日渐急迫。2015年以来，保护区实行全年组织机关干部在周末上山值班并参与驴友管理，阻止驴友的非法入区近2000人次，减少人为因素对保护区生态环境的影响。局班子带队全员下乡开展保护、绿化造林等宣传工作，年均出动宣传车200余次，张贴森林消防宣传标语300余份，悬挂横幅、彩旗100条（幅），并在周边社区、中小学举办宣传活动10余次，积极组织开展植树月等活动，组织干部职工植树，为周边村提供造林技术支持，逐渐在周边群众中树立“绿我家园，人人有责”的理念。几年来，保护区联防工作进一步优化，保护宣传进一步拓展，资源破坏案件查处进一步加强，如对童玉村和安徽旌德县几个村民非法经销野生梅花鹿制品作出了处罚，对宁国市万家乡3个村民在保护区核心区狩猎进行了严肃查处，对童玉村一农妇非法从山上抱回梅花鹿幼崽并出售以及九园村一村民装“柴吊”致一头母鹿死亡，分别进行了司法判决。随着生态资源保护工作手段、措施进一步完善，生态资源破坏情况逐渐减少，确保了生物多样性的安全。
注重交流合作，强化科研监测及宣教能力
建区以来，保护区先后与浙江大学、浙江农林大学等院校共同合作科研项目并取得初步成果。首次在国内成功救护和饲养了一头野生华南梅花鹿幼仔，和浙江农林大学合作成立华南梅花鹿研究所，邀请中科院动物所首席研究员蒋志刚到保护区指导扩繁工作，改造梅花鹿重点栖息地4500亩，完成170余亩梅花鹿扩繁试验场围栏扩建，野生梅花鹿也由建区初的80多头增加到目前的200多头，且未出现原有生态环境受损等情况，还专门拍摄梅花鹿专题片《鹿鸣清凉峰》。与此同时，保护区修建1个100余亩的珍稀植物园，对延龄草、黄山梅等200余种珍稀濒危药用植物进行抢救性保护。在三大保护区域建成了3个各15亩的永久性样地，动态监控生物多样性及禽流感、松材线虫、外来物种入侵等情况，并两次组织相关专家组进行综合性本底调查，调查新增保护区高等植物名录440余种，新发表植物新种3个，发现并证实了世界极危物种“安吉小鲵”分布，发现并形成了国宝级昆虫——中华虎凤蝶及全球性易危鸟种——短尾鸦雀的影音资料。先后撰写、出版了《清凉峰植物》《清凉峰木本植物志》《清凉峰动物》《清凉峰昆虫》等保护区专题读本、画册、专题片10余套。修建1个0.9亩左右的科教馆，以清凉峰科技馆、龙塘山珍稀植物园等为平台，联合相关单位开展科普下乡、学生夏令营、世界环境宣传日、电视访谈节目、“揭秘动物世界探索多彩自然”等主题活动，年均开展野生动植物保护科普活动10次以上，接待各类参观、考察人员达到5万余人次。
注重社区共建，形成社区共管合力
保护区积极开展社区共建共管工作，将带动社区经济发展作为保护区提高管护能力的重要手段，积极扶持周边社区开展新农村建设，扶贫济困，捐资助学，补偿野生动物危害农作物损失，逐渐形成共存共融、协调有序的社区关系和良好氛围，2011年、2013年保护区率先在全省自然保护区中完成了对保护区核心区、缓冲区、实验区11.6万亩集体林租赁工作，有效解决了生态公益林补偿标准低的问题，壮大了保护区周边镇村的集体经济，提高了林农收入。清凉峰镇的浙川村，在没有实行森林生态效益补偿机制之前，集体经济几乎为零，森林生态效益补偿机制实行后，补偿资金就有271335元，租赁后又新增96020元，合计367355元，村民人均收入增加近千元。2013年，仅仅集体林租赁收入就达到近55.9万元。2014年、2015年随着补偿机制完善及补偿额度的提高，村集体和村民收入又有了进一步提高，村容村貌也大为改观，好的生态更是促进了当地农家乐的发展，调动了群众参与自然保护的积极性。此外，林政案件、违章用火的发案率明显下降，保护区与周边社区逐渐形成协调有序的社区关系和良好氛围，取得了社会效益与经济效益双赢，保护工作化被动为主动，顺利解决了自然生态保护与发展的深层次矛盾，确保了保护区林业资源的安全有序发展。
“十三五”期间，保护区将以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持以科学发展观统领规划工作全局，坚决贯彻十八届五中全会提出的“坚持创新发展、坚持协调发展、坚持绿色发展、坚持开放发展、坚持共享发展”的发展理念，进一步按照保护区“建设标准化、管理规范化、信息数字化”发展方向，不断提高清凉峰自然保护区生物多样性保护、科研宣教、基础设施建设、人才队伍及政策保障、景点开发、林场稳定发展等方面工作能力，高标准完成各级部门赋予保护区“十三五”的各项工作任务，推动保护区事业又好又快发展，将保护区打造成“物种基因宝库、生态文化名山、休闲度假胜地、养生保健天堂”，为实现中央提出的到2020年全面建成小康社会的总目标作出贡献。