水稻窄叶突变体Narrow leaf 11(nal11)的基因定位

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  摘要:【目的】定位和分析水稻窄叶突变体基因,为水稻叶片发育调控及株型育种提供参考依据。【方法】用甲基磺酸乙酯(EMS)诱导泸恢17,获得稳定的窄叶突变体(Narrow leaf 11,nal11),调查其与野生型泸恢17抽穗期功能叶的长和宽、分蘖数及成熟期株高。对nal11和绵恢727正反交获得的F2代进行遗传分析及基因定位。【结果】nal11抽穗期剑叶、倒2叶和倒3叶的宽度与野生型泸恢17存在显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01,下同)差异,分别为野生型泸恢17的60.7%、57.9%和75.8%,但长度无显著差异(P>0.05);nal11株高为野生型泸恢17的90.3%,存在显著差异;nal11分蘖数极显著增加,为野生型的150.0%。nal11和绵恢727正反交后,F1代均表现正常叶宽,F2代叶宽发生性状分离,正常叶宽与窄叶植株数比例经χ2检验均符合3∶1,表明nal11是受核单基因控制的隐性突变。利用SSR标记将nal11定位在水稻第4号染色体RM7290和RM16720标记之间约322 kb范围内,其与2个标记的遗传距离均为0.8 cM,覆盖了32.236 kb的物理区域,在定位区域内有5个注释基因,即Os04g26834、Os04g26850、Os04g26870、Os04g26880和Os04g26841,其序列与前人克隆的窄叶基因无重复。【结论】获得一个新的水稻窄叶突变体(nal11),其窄叶性状由1个隐性核基因控制,定位于水稻第4号染色体RM7290和RM16720标记之间,对功能叶、株高和分蘖数的表型有明显影响。
  关键词: 水稻;窄叶突变体;基因定位;遗传分析
  中图分类号: S511 文献标志码:A 文章编号:2095-1191(2017)07-1133-06
  0 引言
  【研究意义】自20世纪90年代以来,我国水稻单产徘徊不前,迫切需要创新水稻种质。水稻叶片形态包括叶宽、叶厚、叶片生长角度和卷曲度等,是其理想株型的重要组成部分(Peng et al.,2008)。因此,开展水稻窄叶突变体研究对水稻叶片形态建成、发育分子调控机制及株型育种具有重要意义。【前人研究进展】已有研究证实,叶片宽度受遗传和环境共同调控(陈宗祥等,2010),水稻叶片变窄主要由叶脉数减少或叶脉间距缩短造成(Wu et al.,2010;游小庆等,2010;李娟等,2011)。目前,水稻窄叶突变体基因主要采用甲基磺酸乙酯(EMS)诱导和DNA插入等方法获得,已定位的水稻窄叶突变体基因以nal编号的共10个,即nal1~nal10,分别位于第1、3、4、7、11和12染色体上(Woo et al.,2007;Kenji et al.,2008;Qi et al.,2008;孟庆彩,2011;Ishiwata et al.,2013;Li et al.,2013;方云霞等,2015)。除窄叶小穗由spnl6和spnl7互作调控外,多数水稻窄叶突变是单基因控制的质量性状(陈代波等,2010;辛晓云,2011)。目前有关水稻显性窄叶突变体的报道较少,除刘建昌和张为民(2004)及桑贤春等(2014)外,其他均为隐性窄叶突变体。此外,已报道的水稻窄叶突变体基因中,仅nal1~nal3和nal7等基因已完成克隆和功能分析(方云霞等,2015;潘银林等,2015;王士磊等,2016),其中,nal1~nal3影响生长素的极性运输(Bowman and Floyd,2008;Qi et al.,2008;Cho et al.,2013),nal7与生长素生物合成有关(Kenji et al.,2008),nal9编码1个ATP依赖-Clp蛋白水解酶亚基(Li et al.,2013)。【本研究切入点】目前,对水稻新窄叶突变体进行基因定位和相关农艺性状分析的研究鲜见报道。【拟解决的关键问题】利用EMS诱导泸恢17获得新的窄叶突变体,对其进行遗传分析及基因定位,为构建遗传分析群体水稻叶片发育调控及株型育种打下基础。
  1 材料与方法
  1. 1 试验材料
  用EMS诱导水稻恢复系泸恢17种子,经多代种植筛选、鉴定获得窄叶突变体(Narrow leaf 11,nal11);绵恢727由西南大学水稻研究所提供。
  1. 2 试验方法
  1. 2. 1 性状考察 F2代及其亲本nal11和绵恢727的田间种植株行距为20 cm×26 cm,肥水等按常规管理。抽穗期测定nal11和其野生型泸恢17功能叶的长和宽及分蘖数,成熟期测定其株高。于叶片最宽位置测定叶宽,株高是从地面量至穗顶的距离。分别随机选取10株测定各性状,取平均值,3次重复,试验数据采用SAS 9.0进行方差分析。
  1. 2. 2 遗传分析 将nal11与绵恢727正反交获得F1代,用SSR标记分析其杂种真实性,抽穗期调查F1叶片宽度,单株收获种子;抽穗期分别统计nal11、绵恢727、野生型泸恢17和F2群体的正常叶宽和窄叶植株比例,并进行卡方检测。通过分析正反交F1代叶宽表型及F2代叶宽性状分离情况,确定窄叶突变的遗传规律。
  1. 2. 3 基因定位 利用nal11×綿恢727正交F2代进行突变体基因定位。均匀分布于水稻12条染色体上的318个SSR标记(Susan et al.,2002)由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。水稻叶片基因组DNA提取采用CTAB法(王关林和方宏筠,2002),PCR扩增目的基因,并进行电泳检测(李云峰等,2004)。从F2代中分别随机选取10株正常叶宽单株和10株窄叶单株的叶片,分别提取DNA,将其混合,构建正常基因池和窄叶基因池。用亲本和F2代基因池筛选SSR标记,获得连锁多态性标记,用其检测F2窄叶单株。将具有母本nal11突变体带型的单株记为a,具有父本绵恢727带型的记为b,杂合带型记为h,用Mapmarker 3.0对其进行数据分析和作图(Lander et al.,1987)。   1. 2. 4 候选基因分析 注释基因信息来源于网站http://www.gramene.org/和http://rice.plantbiology.msu.edu/。
  2 结果与分析
  2. 1 突变体性状表现
  与野生型泸恢17相比,nal11的窄叶性状在秧苗期表现不明显,分蘖时逐渐显现,且在抽穗期其功能叶(剑叶、倒2叶和倒3叶)的宽度均显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01,下同)变窄,其中剑叶宽度1.16 cm,为野生型的60.7%;倒2叶宽度1.06 cm,为野生型泸恢17的57.9%;倒3叶宽度0.94 cm,为野生型泸恢17的75.8%。nal11的功能叶长度与野生型无显著差异(P>0.05);其株高74.05 cm,为野生型泸恢17的90.3%,存在显著差异;分蘖数15.50,为野生型的150.0%,存在极显著差异(表1),表明水稻窄叶突变基因对其功能叶宽、株高和分蘖数的表型有显著或极显著影响。
  2. 2 遗传分析结果
  nal11和绵恢727正反交的F1代叶宽均正常,说明nal11不是由细胞质基因控制,而是由细胞核隐形基因控制;F2代叶宽均表现分离(表2),正交组合nal11×绵恢727 F2代叶宽的正常表型有1002株,窄叶表型有327株,正常表型和窄叶表型植株数比例为3.06,经χ2检验符合3∶1(χ2=0.11<χ20.05);反交组合绵恢727×nal11 F2代的叶宽性状分离比例也符合3∶1,表明该突变体由单基因控制。由此推测,nal11是受单个核基因控制的隐性突变体(表2)。
  2. 3 基因定位结果
  利用nal11×绵恢727正交F2代的亲本筛选318个SSR标记,获得67个多态性标记,并进一步对构建的F2代基因池及部分F2代窄叶单株进行筛选,获得2个与nal11连锁的SSR标记,即RM8212和RM6997(表3)。用RM8212对全部的F2窄叶单株(249个)进行检测,双亲杂合带型即单交换株50个,正常父本(绵恢727)带型即双交换株21个,母本突变体(nal11)带型178个,交换率为18.3%,突变位点与该标记的遗传距离为18.3 cM,但用RM6997检测发现单交换株85个,双交换株36个,交换率为31.6%,遗传距离31.6 cM。由于2个标记检测到的单交换株不同,2个标记在突变位点两侧,初步确定nal11位于第4号染色体RM8212和RM6997之间,与2个标记的遗传距离分别为18.3和31.6 cM(表3)。
  为了缩小定位范围,在上述2个标记之间找到3个与突变基因连锁的标记,即RM5687、RM7290和RM16720(表4)。用RM5687对全部的F2代窄叶单株(249个)进行检测,其中5株为双亲杂合带型,其他244株为突变带型,交换率为1.0%,突变位点与该标记的遗传距离为1.0 cM;用RM7290进行检测,其中4株为双亲杂合带型,其他245株为突变带型,交换率为0.8%,突变位点与该标记的遗传距离为0.8 cM;用RM16720检测,其中4株为双亲杂合带型,其他245株为突变带型,交换率为0.8%,突变位点与该标记的遗传距离为0.8 cM。以上3个标记与突变基因nal11的突变位点距离较远,双交换概率比单交换低,导致仅出现单交换株,无双交换株。由于RM16720检测到的单交换株与RM5687和RM7290检测的结果不同,表明RM16720在突变位点的一侧,而RM5687和RM7290在突变位点的另一侧。RM5687和RM7290检测到的单交换株中,有2个为相同单交换株,说明RM5687和RM7290在突变位点的同一侧。又因为RM5687检测到的单交换株多于RM7290,与突变位点的遗传距离更远,因此,将nal11定位于RM7290和RM16720之间约322 kb范围内,与2个标记的遗传距离均为0.8 cM,根据2个引物在染色体上的位置,其覆盖了32.236 kb的物理区域。RM16720对F2代窄叶单株部分检测结果见图1,41个窄叶单株中,2株为双亲杂合带型,即单交换,其余39株为突变带型。
  用Mapmarker 3.0进行数据分析和作图,nal11与5个SSR标记的连锁图谱见图2,突变基因左侧,nal11与标记RM16720和RM8212的遗传距离分别为0.8和18.3 cM;突变基因右侧,nal11与标记RM7290、RM5687、RM6997的遗传距离分别为0.8、1.0和31.6 cM。
  2. 4 候选基因分析结果
  利用Rice Genome网站(http://signal.salk.edu/cgi-
  bin/RiceGE/),在nal11定位区域内(RM7290和RM16720之间)找到5个注释基因,即Os04g26834、Os04g26850、Os04g26870、Os04g26880和Os04g26841,其中Os04g-
  26834为天冬氨酰蛋白酶(AP)结构域蛋白基因;Os04g26850是一类假定蛋白基因,其作用和功能尚不清楚;Os04g26870可能与氧化还原酶类中的酮还原酶家族蛋白有关;Os04g26880可能与转座子蛋白有关;而Os04g26841是一类与输入蛋白(importin-8)有關的基因,其在定位区域见图2。这些候选基因与前人克隆的窄叶基因无重复,表明nal11是一个新的窄叶突变体。
  3 讨论
  经研究发现,窄叶突变体有很多表型,但这些窄叶表型均会在一定程度上引起水稻植株矮化,定位在第4号染色体上的3个突变体表型存在明显差异,如nal1(t)在整个生育期表现为窄叶、叶长变短和植株变矮 (李娟等,2011);dnll株高仅为野生型的55.69%,功能叶平均宽度低于野生型的50.0%,分蘖数为野生型的2.19倍(刘继云等,2014);nl(t)在整个生育期叶片明显变窄,约为野生型的50.0%,剑叶长是野生型的62.6%,叶片明显较短,植株变矮(潘银林等,2015)。本研究nal11功能叶宽度、分蘖数和株高等与上述研究结果存在明显差异。   本研究采用分子标记进行基因定位,该方法与经典两点测验和三点测验原理一致。分子标记定位是利用分子标记与性状连锁,后两者利用性状与性状之间连锁,先计算交換率,再得出相应的遗传距离。遗传距离越近,交换概率越小,交换株就越少,甚至无交换株;相反,遗传距离越远,交换1次(单交换)、2次(双交换)概率越大,会出现较多的单交换和双交换株,但当单交换∶突变型∶双交换株的比值等于或大于1∶2∶1时,标记与性状已不连锁,无法用于基因定位。本研究中nal11初步定位在第4号染色体RM8212和RM6997标记之间,与2个标记的遗传距离分别为18.3和31.6 cM。用RM8212检测到单交换株50个、双交换株21个,用RM6997检测到单交换株85个、双交换株36个,因此,初步定位距离较远,且双交换株数量远少于单交换株,与出现交换概率相符。对nal11精细定位发现,nal11定位于第4染色体RM7290和RM16720之间,遗传距离均为0.8 cM,与定位于第4染色体的nal1、nal4和nal5等3个突变体定位区间不同。这3个突变体的定位区间分别为AL662950、63~63(-)和85.5~104.5(-)cM(陈代波等,2010)。
  本研究候选基因分析结果显示,在nal11定位区间内有Os04g26834、Os04g26850、Os04g26870、Os04g-
  26880和Os04g26841等5个注释基因。Os04g26834编码天冬氨酰蛋白酶结构域,该酶负责在长末端重复反转座子中发挥作用,其在转座过程中对反转座子表达的多聚体蛋白进行剪切和修饰,从而使多聚体蛋白形成有功能的成熟蛋白(Muszewska et al.,2011);Os04g26870可能与酮还原酶家族蛋白有关,该酶与植物的抗逆性和解毒功能有关;Os04g26841是一类与输入蛋白有关的基因,输入蛋白是由两个亚基构成,其分布广泛,存在于所有真核生物中,输入蛋白的特性相对保守,其功能是运输胞质中的剪接和转录因子及其他蛋白进入核内的蛋白(郭建林和徐存拴,2015)。这5个基因是否与突变基因有关仍需进一步探究。
  4 结论
  本研究获得一个新的水稻窄叶突变体(nal11),其窄叶性状由1个隐性核基因控制,定位于第4号染色体RM7290和RM16720标记之间,遗传距离均为0.8 cM,覆盖了32.236 kb的物理区域。
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  (責任编辑 陈 燕)
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