哺乳动物的消化系统内，栖生着大量共生微生物，数量庞大，结构复杂，涵盖整个三域系统（古菌域、细菌域和真核域），并包含病毒颗粒，携带大量功能基因，广泛参与肠道及全身各器官生理功能的调节，为宿主提供代谢、防护等微生态服务。
　　最新研究发现，很多感染、代谢和免疫性疾病，都与肠道微生物密切相关。当机体发生病变时，肠道菌群的结构与功能不同于健康个体，代谢整体偏向于有害生化途径，即处于失衡状态。这一原则不仅适用于人体，同样适用于奶牛。
　　乳汁营养丰富，是哺乳动物乳腺分泌的营养物质。从目前的研究来看，影响奶牛肠道菌群构成的因素主要包括奶牛的牛龄、泌乳周期、喂养方式和外界环境因素。为了实现牛奶高产量和高品质的同步，大型牧场通常会定期优化奶牛的年龄结构，科学合理搭配奶牛膳食，重视牧场外界环境因素风险的把控等。特别是近几年，人们追求高品质的有机产品，大量优良菌株及复合益生菌产品被用来调控奶牛的肠道微生态平衡。
　　一般认为，肠道菌群共生体是经由一系列环境因素暴露而累积形成的，其中饮食因素在肠道微生态形成中占据首要位置。人从刚出生时母亲菌群输送产生初次微生物定殖，到6个月后辅食添加，肠道微生物会出现飞越式增长，直到成年后杂食摄入，才会促使人体肠道菌群建立起一种相对平稳的状态。
　　在肠道微生物调控中的饮食因素，由于占有很高的权重，所以，不同于幼年到成年期漫长的建立过程，无论是动物实验，还是临床对照研究都已经证实，不同的膳食摄入会在24小时内，对肠道菌群结构产生影响。
　　针对人体肠道健康，大家原则上都希望增加益生菌的数量，降低有害菌的定殖。因此，挑选乳制品请遵循两个原则。
　　第一，选择添加特殊功能成分的生物活性物質，如乳脂肪球膜蛋白、低聚半乳糖和多聚果糖等成分，促使肠道菌群中的益生菌（如乳酸菌）增长，减少杂菌定殖，达到促进肠道生长发育，完善肠道屏障机制，提高肠道免疫保护和降低肠道疾病发生的目的。
　　第二， 选择人源益生菌的发酵产品。目前从人乳中分离人源性益生菌，并通过宏基因组学、代谢组学及细胞、动物实验全面评价菌株及其代谢产物的功能与安全性，在此基础上建立起人源性益生菌增殖培养及活性保持技术。通过现代发酵技术，将人源益生菌应用到发酵产品中，对便秘人群、油脂代谢异常人群、免疫力低下人群、消化系统菌群失调人群具有明显功效。