【摘 要】
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随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分
【机 构】
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中国农业科学院农业资源与农业区划研究所/农业农村部农业微生物资源收集与保藏重点实验室;
【基金项目】
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现代农业产业技术体系(CARS20);中央级科研院所基本科研业务费专项(1610132016040);农业资源与农业区划研究所应急性项目(1610132018111)~~
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随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92%和91.68%的保守基因。对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931542个单核苷酸多态性位点,231654个插入/缺失和9221个结构变异。对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异。CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复(DSB)信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失。
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