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目的:为提高医院药学部门应对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的应急处理能力提供借鉴和参考.方法:根据《中华人民共和国传染病防治法》的相关规定和要求,结合COVID-19疫情防控的具体实际和既往相关医院的管理经验,在深入分析医院药学部门的药品供应和质量保障、药品调剂管理、提供临床药学服务及其他相关物资保障等工作职责的基础上,构建医院药学部门COVID-19疫情防控应急综合管理模式,并梳理各环节的注意点和应对措施.结果:医院药学部门COVID-19疫情防控应急综合管理模式包括但不限于人力资源管理、药品和消毒产品供应管理(重点包括关键治疗药品和消毒产品清单制订、管控、库存量调增等)、药品调剂管理(重点包括处方、药房窗口、规划定量储备、退药等管理)、临床药学服务管理(重点包括提供药学信息支持、线上药学服务、监测药物安全性等)、人员防护与消毒(重点包括人员防护以及环境和窗口、设备和容器、纸质处方的消毒等)、捐赠药品专项管理、人员防控知识培训、药学教育与科研管理等环节.结论:COVID-19疫情防控应急综合管理模式有助于医院药学部门应对公共卫生突发事件的规范管理.COVID-19疫情期间医院药学部门应启动疫情防控应急综合管理模式,加强各个环节的风险控制,在特殊时期发挥好关键职能部门的作用.