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基因芯片是20世纪90年代中期发展起来的一项尖端技术，具有检测效果灵敏、快速、高效的特点，已经在生命科学的很多领域发挥了重要作用。就基因芯片技术在检测基因表达情况，单核苷酸多态性分析，高产、优质、高抗性、早熟等新基因筛选，杂交机理研究，优良杂种后代选育以及基因突变分析等方面的应用进行阐述，以期为基因芯片在农业研究领域的深入应用提供依据。