【摘 要】
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目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为
【机 构】
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山东第一医科大学,山东第一医科大学基础医学院/基础医学研究所,山东中医药大学第二附属医院,山东第一医科大学附属肿瘤医院
【基金项目】
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山东第一医科大学学术提升计划(编号:2019QL007)
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目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言“ggtree”包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图。结果成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信
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