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杭州师范大学的密码研究始于1980年代,在新中国自主培养的第一批18博士之一于秀源教授的倡导和带领下,开始数论应用与密码学的研究,是国内较早开展密码学研究的高校之一。2004年开始分别在应用数学和计算机应用技术学科招收密码学和网络安全研究方向的硕士研究生,2013年应用密码学成为杭州市重点学科,密码与网络安全实验室成为杭州市重点实验室(2017年以优秀的成绩通过验收),2017年获得网络空间安全一级学科硕士点,2021年被浙江省科技厅认定为浙江省密码技术重点实验室。