高校思想政治教育目标的实现是通过校内思想政治教育系统和校外思想政治教育系统协同达成的。因此，优化高校思想政治教育生态共同体的内部结构，是形成高校思想政治教育生态共同体、发挥高校思想政治教育的“共轭效应”的关键。
　　优化校内思想政治教育系统的内部结构，需要处理好三方面的关系：第一，课堂与课程。课堂是思想政治教育的主阵地，思想政治教育目标的实现是通过系统的思想政治教育课程来实现的。两者相互促进，相辅相成，共同为实现思想政治教育目标服务。第二，课堂与学生。课堂是进行思想政治教育的主渠道，是帮助大学生明辨是非善恶，树立正确的世界观、人生观和价值观的重要途径。通过课堂教学方法改革，实现师生互动、学生间的互动，从而实现思想政治教育过程中互动融通的目标。第三，学生与课程。学生作为受教育者绝不是被动、消极、机械地承受教育者影响的客体，而是积极、能动的主体，是有意识、有目的的活动着的个体。在思想政治教育过程中通过课程改革，凸显学生的主体地位，使学生由被动接受转化为主动参与，实现学生与课程间协同促进的目标。
　　建立社会、学校、家庭有机结合的校外思想政治教育系统。学校是青年学生思想政治教育的专门机构和主要场所，是实现思想政治教育目标的主导力量；家庭是社会的细胞，在整体育人的新格局中，家庭教育是基礎；社会对大学生的影响是深刻而广泛的，大学生在参与社会生活和人际交往中，接受着社会各方面的影响。学校教育、家庭教育、社会教育必须按照教育总体目标的要求，规范各自的教育行为，构建社会、学校、家庭有机结合的一体化教育网络，形成思想政治教育共同体。