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蛋白质组学的主要目的是鉴定出生物体内的蛋白质的种类和数量。为达到这个目的，人们开发了多种蛋白质鉴定算法，包括数据库搜索方法、DeNovo方法、PST（肽段序列标签）方法和质谱数据库方法。首先介绍了质谱仪中肽段断裂机理的研究，以及相关的质谱鉴定方法，然后综述了当前常用的蛋白质鉴定方法，分析了这些方法的优缺点，最后提出了自己的见解和展望。