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从90个ISSR引物中筛选出条带清晰、多态性高的引物37个，对水稻籼粳亚种进行遗传差异分析．37个引物共扩增354务带，其中特异性带206条；UPGMA法把籼稻和粳稻各划为1支，海南野生稻和茶陵野生稻与粳稻聚为1类．通过对籼粳稻特异带的统计，发现野生稻带有部分籼型血缘，且海南野生稻的籼型血缘多于茶陵野生稻；籼稻9311带有部分粳型血缘．结果表明，ISSR标记适用于水稻籼粳性和广亲和基因的判断．并可据此选择含粳稻血缘的亲本应用于杂交育种中，提高杂交水稻的产量．