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限制和禁止开发区域是主体功能区建设的重要组成部分，财政转移支付制度是推进主体功能区建设的重要制度保障。通过分析限制和禁止开发区域现行财政转移支付法律制度的缺陷与不足，提出了构建与限制和禁止开发区域建设相协调的财政转移支付法律制度的建议：提高立法层级，增强法律效力；建立健全财政转移支付的监督管理机制；加大转移支付力度，优化转移支付结构；加快发展横向财政转移支付。