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母乳中存在的乳酸菌和双歧杆菌对婴儿健康有着直接的影响.本研究从内蒙古呼和浩特市采集了25份母乳样品,利用乳酸菌和双歧杆菌特异性引物分别扩增样品中乳酸菌的16S r RNA基因v1～v4区和双歧杆菌(Bifidobacterium)的rps K基因,由三代测序技术(Pacific Biosciences(Pac Bio)single molecule real-time sequencing technology,SMRT)对其扩增产物进行靶序列测定,采用生物信息学方法全面解析母乳中的乳酸菌和双歧杆菌的组成和结构.结果发现,母乳中含有德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、Lactobacillus gallinarum、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、轻型链球菌(Streptococcus mitis)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)等120种乳酸菌以及链状双歧杆菌(Bifidobacterium catenulatum)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、粪双歧杆菌(Bifidobacterium stercoris)和两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)等11种双歧杆菌.乳酸菌的结构和组成与泌乳阶段显著相关,而双歧杆菌的结构不随泌乳阶段而改变.其中,过渡乳中的德氏乳杆菌(P<0.01)、植物乳杆菌(P<0.01)、婴儿链球菌(Streptococcus infantarius)(P<0.05)等乳酸菌的相对含量显著低于初乳和成熟乳,而初乳中的鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)相对含量显著高于过渡乳和成熟乳(P<0.05),过渡乳中的瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)相对含量显著高于其他两个时间段的母乳(P<0.05).基于母乳中乳酸菌种水平相对含量的差异,内蒙古地区的母乳可分为3个类型.有趣的是,大部分样品的分型和泌乳阶段有着密切的关系,88.88%成熟乳属于第Ⅰ型,75%的过渡乳归为Ⅱ型,只有初乳被分散在了Ⅰ和Ⅱ两个类型中.本研究为特定生境中乳酸菌和双歧杆菌多样性研究建立新的方法,同时为分离筛选适合国人的母乳源益生菌提供了理论基础和指导意义.