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面对滥用抗生素所带来的诸多负面影响，抗菌肽以其独特的抗菌机制、广谱、高效的抗菌活性以及靶菌株难以产生抗性等优点而有望成为抗生素的替代品。水产动物抗菌肽是其自身先天免疫的重要组成部分，对抗菌肽的深入研究有望通过充分调动开发动物自身的防御潜力达到抗病的目的，是实现养殖业可持续发展的重要方向。综述了水生动物抗菌肽的类型、结构及抗菌机制，分析了抗菌肽研究中存在问题，并展望其应用前景。