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通过棉花长期连作定点微区试验,研究了秸秆还田条件下长期连作棉田土壤微生物量碳、氮、磷(SMBC、SMBN、SMBP)含量的变化规律,为衡量和评价秸秆还田对长期连作棉田土壤质量和肥力的影响提供科学的理论依据。研究结果表明:秸秆还田可以显著提高不同土层SMBC、SMBN、SMBP含量,且随着连作年限增加,SMBC、SMBN、SMBP含量逐渐升高;秸秆不还田条件下,随着连作年限增加SMBC、SMBN、SMBP含量下降,0~20 cm土层秸秆还田条件下连作5、10、15年SMBC比无秸秆还田条件下分别增加20.8%、67.2%、70.4%,SMBN比无秸秆还田条件下分别增加22.2%、81.2%、85.4%,SMBP比无秸秆还田条件下分别增加22.3%、81.2%、85.3%;秸秆还田条件下,0~20 cm土层连作30年棉田SMBC比连作5、10、15、20年和25年分别增加了116.6%、86.2%、101.6%、28.9%和7.99%;0~20 cm土层连作30年的SMBN含量比连作5、10、15、20年和25年的分别增加了114.1%、82.1%、99.65%、27.8%和7.15%;0~20 cm土层连作30年的SMBP含量比连作5、10、15、20年和25年的分别增加了65.7%、6.9%、34.2%、1.4%和2.22%。不同土层间微生物量差异表现为0~20 cm>20~40 cm>40~60 cm。秸秆还田可以显著提高连作棉田微生物量碳、氮、磷的含量,且可以缓解棉花连作的不利影响,有利于提高土壤质量和土壤肥力。