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计算权重是水质评价中的一个关键环节，不同权重算法将导致评价结果有较大差异。研究基于超标法、熵权法以及主成分分析这3种权重算法，对梧州种质资源保护区水质进行模糊综合评价。结果表明：基于超标法的模糊综合评价对单因子超标比较敏感；基于熵权法和主成分分析法的模糊综合评价全面考虑了各因子对评价结果的影响，二者评价结果一致，且水质类别满足种质资源保护区用水要求，较超标法好。主成分分析法可直接借助SPSS统计分析软件，操作更简单、实用性更强，能更好更高效的服务于保护区水质管理工作。