由于种种原因，对区县（自治县、市）党政组织和领导干部的考核评价，还存在较多问题。譬如，考核内容缺乏科学的指标体系；重定性指标，定量指标较少；重近期产出，对长期效益关注不够；重经济增长指标，对社会发展指标重视不够；参与主体缺乏代表性和广泛性；考评手段和方法相对落后，等等。
　　干部政绩，应当是在科学发展观指导下的实践活动，体现在具体的工作绩效上。考核评价区县（自治县、市）党政组织和领导干部，必须把握正确的价值取向，从单纯注重经济增长转向经济社会全面、协调和可持续发展，从政府本位转向民众本位，从无限政府转向有限政府，从效率标准转向效能（效率、效益、效果、公平、公正、民主并重）标准，从要素评估转向系统评估，建立一套行之有效的分类评估指标体系。
　　分类设置绩效考核评价体系。一是地区分类，根据现实经济社会发展水平，将考核评价分为水平大体相当的４类地区，即主城区、渝西地区、三峡库区和渝东南地区，按各个地区的发展基础、战略定位和当前任务的不同，以实际发展水平来进行考核评价。二是职能分类，打破党委、政府、人大、政协、法院、检察院领导班子用同一考核评价指标的做法，按各自法定职能任务设定考核评价指标体系。三是职务分类，对领导干部除按工作职能确定考核评价内容外，还应按正副职和分管工作确定具体评价内容。
　　按照职能明确绩效考核评价内容。绩效评估，是以结果为导向的评价方式，将一般内容的考核变为组织绩效评估，可以推动管理和服务水平上台阶。取消过去那些太粗太泛太陈旧的考核评价指标，设计具体的、有针对性的、能适应新形势新任务发展要求的考核评价指标。重点考核党委履行总揽全局、协调各方的职能，政府履行经济调节、市场监管、社会管理、公共服务的职能，人大履行法律监督和工作监督的职能，政协履行政治协商、民主监督、参政议政的职能，法院履行审判的职能，检察院履行法律监督的职能。在职能分类的基础上，确定具体的考核指标体系。
　　科学设置政府绩效评估指标体系。对区县（自治县、市）政府的绩效考核，可从以下５个方面设置指标体系：一是经济调节，包括ＧＤＰ增长率、人均ＧＤＰ、劳动生产率、外来投资占ＧＤＰ比重、环境与生态、城镇登记失业率、财政收支状况；二是市场监管，包括法规与制度完善程度、执法状况、市场秩序、企业满意度；三是社会管理，包括人口自然增长率、刑事案件发案率、生产和交通事故死亡率、公民平均受教育程度、卫生状况、社会风气（民风）；四是公共服务，包括基础设施建设、非农业人口比重、贫困人口占总人口比例、社会保障水平、信息公开程度、公民满意度；五是政府自身建设与改革，包括行政机关工作作风、领导班子团队建设、腐败案件涉案人数占行政人员比例、行政经费占财政支出的比重、行政人员占总人口的比重。上述指标体系由一级指标和二级指标构成，并随发展状况不断调整。
　　建立开放的绩效评价主体。改变过去单一的“官评官”的做法，建立开放的、科学的绩效评价主体。以政府绩效评估为例，建议由３部分人组成评价体系：第一部分，是政府官员，包括上级政府、本级政府、本级政府部门、下级政府官员和评估机构专业人员，这部分可占４０％左右。评估时，上级政府官员主要参与对下级政府的考核评估工作，本级政府、本级政府部门和下级政府官员主要参与自我评估工作，评估机构专业人员受权负责综合业务工作和组织协调工作。第二部分，是公众，包括本辖区人大代表、政协委员、非政府组织代表、企业代表、个体工商户代表、农民代表、社区市民代表，这部分可占４０％左右。第三部分，是专家，主要是公共管理研究专家，涉及具体考核指标的专家，例如环保专家等。这部分可占２０％左右。
　　改革绩效评价方式和手段。尽可能将指标量化，确定分值。不能量化的，可采用问卷、座谈等测评方式。尽可能采用计算机，运用软件系统，按客观标准进行量化评分。
　　对组织和个人的考核评价不能“两张皮”。对领导干部的考核评价，要按组织职能、分管工作和正副职，设置不同内容和标准，反对“大锅饭”。确定领导干部的考核评价等次，要与对组织的考核评价等次大体相当，不能出现组织的考核评价等次低而领导干部的考核评价等次高的现象。