【摘 要】
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为了解萝卜ICE1密码子的使用特性,运用CUSP和Codon W软件程序分析萝卜ICE1密码子的使用偏好性,并与芜菁等10种植物ICE1、萝卜基因组样本及拟南芥等基因组密码子偏性进行比较
【基金项目】
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国家大宗蔬菜农业产业技术体系(CARS-25-37);山东省农业良种工程重点课题-十字花科名产蔬菜新品种选育;潍坊市科学技术发展项目(2016ZJ1061)
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为了解萝卜ICE1密码子的使用特性,运用CUSP和Codon W软件程序分析萝卜ICE1密码子的使用偏好性,并与芜菁等10种植物ICE1、萝卜基因组样本及拟南芥等基因组密码子偏性进行比较。结果表明,萝卜ICE1密码子偏好以A/T结尾;根据RSCU值,确定萝卜ICE1高频密码子有12个;与萝卜基因组密码子相比,19个密码子的偏好性相同;与其他物种同源基因相比,密码子选择偏性存在差异;聚类分析中,基于ICE1编码序列的聚类结果比密码子使用偏性分析更能准确地反映物种间的亲缘关系;与其他物种基因组密码子使用频率比
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