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基于4×4矩阵法，提出了一种分析周期层叠结构微波媒质中电磁波传播问题的新方法：6×6矩阵法。对于周期结构，运用弗洛奎定理，将周期方向的场表达式展开成傅立叶级数。对一个周期运用二维空间傅立叶变换和时间傅立叶变换，得到场分量的齐次线性方程组。将方程组表示成矩阵形式，场分量描述为6×1的列矩阵，齐次线性方程组系数描述为6×6矩阵。利用齐次线性方程组有非零解条件，得到色散关系。求解场分量的齐次线性方程组，得到各场分量。最后将其应用在周期层叠结构微波媒质的分析中。