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福建自贸区的功能是进一步深化两岸经济合作,肩负着促进祖国统一的重任。随着福建自贸区的设立,自贸区的投资环境不断吸引着各类台资企业入驻,促进了台商投资项目的引进。由于台商投资主体具有特殊性,适用负责清单方面也应当具有特殊性规定。文章从研究福建自贸易区台商投资的现状入手,认真研究国家的《自由贸易试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）》和《福建自由贸易试验区自贸区总体方案》的具体规定,提出修订或完善适用于台商投资主体的负面清单制度的建议和意见。