相较于知识产权保护的实体问题,知识产权海关执法对自贸试验区扩大开放等目标的实现影响更直接,一些涉及自贸试验区特性的特殊问题有待解决。自贸试验区本身并非知识产权海关执法的单一适用对象,相关海关执法措施应结合自贸试验区货物的不同状态区别对待。过境、临时仓储、加工出口等不进入境内市场的货物是与自贸试验区特殊功能密切相关的典型类型,且各有其特殊性。因此,一方面,应确保将之纳入海关执法的监管范围;另一方面,对此类特殊货物应区别于一般进出口货物,采取原则上不扣留的特殊知识产权海关措施,并在考虑其各自特点的基础上采取相应措施,在确保知识产权保护与自贸试验区扩大开放两种价值间寻求平衡。我国现行制度中缺乏对自贸试验区特性的考虑,更无对其中特殊状态货物执法的明确规则,应通过修订《知识产权海关保护条例》增加相关特殊措施,使其更加适应自贸试验区的特殊功能与目标。