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【目的】了解国家种质库存小麦的主要寄藏真菌，评价不同地域来源的小麦种质健康状况。【方法】运用吸水纸法、平皿测定法和洗涤法检测了共1465份库存小麦种质。【结果】在来自陕西、河北和青海的712份小麦种质中，通过吸水纸法共检测到17属近40种真菌，其中陕西小麦种质上的优势菌群主要是交链孢（Alternaria）、根霉属（Rhizopus）、青霉属（Penicillium）、曲霉属（Xspergillus）、离蠕孢属（Bipolaris）、芽枝霉属（Cladosporium）、膝葡孢属（Gonatobotrys