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利用857条植物miRNA序列对27546条小立碗藓mRNA序列进行搜索，预测出162个植物miRNA家族在小立碗藓中存在结合靶位。miRNA结合靶位数目和miRNA协同作用网络分析结果同时显示，miR482和miR1168在小立碗藓中结合靶位多、协同作用广，提示它们对于小立碗藓可能具有重要生物学功能。52个菜茵衣藻特有的miRNA被预测在小立碗藓中存在结合靶位，显示小立碗藓在从藻类向种子植物进化过程中处在独特演化位置。