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大学与生俱来的“政治论”与“认识论”哲学的矛盾与冲突,同样存在于现代大学制度建设之中。以政府为主导的“外铄式”现代大学制度建设和尊重大学自身属性的“内生性”现代大学制度建设,是这两种矛盾与冲突的具体体现。两种哲学观的矛盾与冲突是造成现代大学制度建设困境的根本原因,主要体现在现代大学制度的形成机制、形成依据和生命态度三个方面。在现代大学制度建设过程中,应直面这一矛盾与冲突,充分尊重大学的优良传统,重视大学的主体性作用,化解现代大学制度建设的哲学困境,实现“内生”与“外铄”两种制度的有机结合,形成“内外兼修”