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猪肠道的微生物生态系统复杂，菌群庞大，多数属共生型，主要是厌氧菌，如双歧杆菌、消化球菌等，数量恒定，具有合成维生素、蛋白质、生物拮抗等生理作用，能保持宿主健康。少量致病菌在生理平衡状态时不危害宿主，但数量超出正常水平就会致病。还有介于两种类型之间的菌种，如大肠杆菌、链球菌等，具有生理、致病两方面作用。