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应用双向凝胶电泳、蛋白质鉴定的质谱分析法和生物信息学等蛋白质组学技术,全局性监测病原菌的基因表达,可有效鉴定与菌株变异、环境影响和遗传操纵效应相关的重要蛋白质.通过病原菌的比较蛋白质组学研究,有助于阐明与细菌毒力和耐药相关蛋白质,描述疫苗和用于诊断的蛋白质特征,以及确定药物设计的新靶位和评价这些药物对细菌生理学的作用效应.