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实行部门预算制度是我国财政支出管理改革的一项重大举措，在实际的预算管理中取得了一定的效果。但在预算分配权、预算编制以及财政与其他政府部门间的关系等方面仍然存在着一些问题，需要根据部门预算制度运作的实际情况进一步完善，统一预算分配权，理顺财政与其他政府部门间的关系，细化预算，采用科学、规范的预算编制方法，制定科学的预算定额，尽快建立财政总额控制制度，建立部门预算特别是项目支出的绩效考核机制。