会泽地区的南红玛瑙矿主要产于上三叠统飞仙关组的中上部砾岩层、上二叠统宣威组底部砾岩层以及晚二叠世峨眉山组杏仁状玄武岩中。玛瑙新鲜面多为红色、浅红色及灰白色;呈椭球状或扁球状分布于砾岩之中,分布不均匀,局部富集;玛瑙砾石大小不一,玛瑙粒径多集中在0.5⁵cm,偶见大于6cm。会泽地区的南红玛瑙矿形成可分为三个阶段:1)晚二叠世时期,玄武质火山岩（P₃e）中的含硅质热液在晚期充填于玄武岩气孔或裂隙中,经过（快速）冷却形成隐晶质石英或晶质石英集合体——玛瑙,即原生玛瑙;2)晚二叠世晚期的华力西运动和印支运动早期的地壳继续隆升,使得含玛瑙玄武岩遭受风化-剥蚀作用,两次剥离出来的玛瑙单体经流水搬运作用及河湖相沉积作用,形成宣威组（P₃x）、飞仙关组（T₁f）含玛瑙砾石层——沉积砾岩型玛瑙矿产;3)近-现代地质作用,使得二叠纪玄武岩气孔中原生玛瑙和宣威组、飞仙关组沉积砾岩层中的次生玛瑙砾石,再次受到风化-剥蚀作用,玛瑙砾石经流水搬运至现代河流或湖泊中,形成次生玛瑙砂矿。