【摘 要】
：
目的 ·基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)运用生物信息学分析筛选与小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardium ischemia-reperfusion injury,MIRI)相关的潜在枢纽(hub)基因.方法 ·从GEO数据库中获取小鼠MIRI数据集GSE61592、GSE83472和GSE160516.利用limma包筛选各数据集中差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),再用稳健排序整合(robust rank
【机 构】
：
河南中医药大学第一附属医院心内科,郑州450099
论文部分内容阅读
目的 ·基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)运用生物信息学分析筛选与小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardium ischemia-reperfusion injury,MIRI)相关的潜在枢纽(hub)基因.方法 ·从GEO数据库中获取小鼠MIRI数据集GSE61592、GSE83472和GSE160516.利用limma包筛选各数据集中差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),再用稳健排序整合(robust rank aggregation,RRA)方法筛选稳健DEGs.构建稳健DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选PPI网络中的子模块和hub基因,利用clusterProfiler包对稳健DEGs、最重要子模块基因和hub基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.将18只6～8周龄的C57BL/6 J雄性小鼠随机分为假手术(sham)组和MIRI组,每组9只,通过结扎冠状动脉左前降支,缺血30 min再灌注24 h,来构建MIRI模型.采用反转录-定量聚合酶链反应(reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测hub基因mRNA的表达情况.结果 ·RRA法在3个数据集中共鉴定出294个稳健DEGs.在PPI网络中,共筛选14个子模块,其中模块1最重要;共发现17个关键基因.GO和KEGG分析显示,稳健DEGs、模块1中的基因和hub基因主要涉及调控炎性细胞的迁移、趋化因子和细胞因子及其受体活性、Toll样受体等生物学功能和通路.RT-qPCR结果显示,与sham组相比,MIRI组小鼠心肌中趋化因子(C-C基序)配体4[chemokine (C-C motif) ligand 4,Ccl4]、Ccl6、Ccl7、趋化因子(C-X-C基序)受体4[chemokine (C-X-C motif) receptor 4,Cxcr4]、趋化因子(C-C基序)受体2[chemokine (C-C motif) receptor 2,Ccr2]、信号调节蛋白β1(signal-regulatory protein β l,Sirpb1)、低亲和力免疫球蛋白γ Fc区受体Ⅱb(low affinity immunoglobulin gamma Fe region receptor Ⅱb,Fcgr2b)、白细胞表面抗原Cd53(leukocyte surface antigen CD53,Cd53)、花生四烯酸5-脂氧合酶激活蛋白(arachidonate 5-1ipoxygenase activating protein,Alox5ap)、髓样分化初级反应基因88(myeloid differentiation primary response gene 88,Myd88、巨噬细胞清道夫受体1(macrophage scavenger receptor 1,Msr1)、基质金属肽酶14 (matrix metallopeptidase 14,Mmp14)、髓样细胞上表达的触发受体2(triggering receptor expressed on myeloid cells 2,Trem2)、桩蛋白(leupaxin,Lpxn)的mRNA表达上调,而低亲和力免疫球蛋白γ Fc区受体Ⅲ(low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor Ⅲ,Fcgr3)、补体C1q亚组分亚单位B(complementC1q subcomponent subunitB,C1qb)、去整合素和含金属蛋白酶结构域蛋白(a disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 8,Adam8)的mRNA表达未见差异.回顾文献,17个hub基因中Trem2、Lpxn、Cd53、Alox5ap、Sirpb1、Fcgr2b这6个基因未见报道参与MIRI.结论 ·该研究挖掘出小鼠MIRI相关的6个潜在hub基因,可为进一步探讨MIRI的分子机制和治疗靶点提供新的思路和切入点.
其他文献
目的 观察胃肠胰神经内分泌肿瘤(GEP-NENs)组织长链非编码RNA(lncRNA)肝细胞核因子1α-反义链1(HNF1A-AS1)表达变化,并分析其表达与患者预后的关系.方法 选择GEP-NENs患者85例,取手术切除的GEP-NENs组织及其配对的癌旁正常组织,采用RT-qPCR技术检测lncRNA HNF1A-AS1表达.比较GEP-NENs组织与癌旁正常组织lncRNA HNF1A-AS1表达差异,并分析lncRNA HNF1A-AS1表达与GEP-NENs患者临床病理特征的关系.以GEP-NE
目的 构建干扰胸腺细胞选择相关高迁移率群体盒(TOX)基因联合抗CD38 CAR-T细胞,观察其对血液肿瘤细胞增殖和凋亡能力的影响.方法 采集健康志愿者外周血,分离单个核细胞(PBMC),提取原代T淋巴细胞.构建以shRNA技术靶向抑制TOX的抗CD38 CAR分子,分别命名为TOX-shRNA1-CD38 CAR和TOX-shRNA2-CD38 CAR,另设计一条不针对任何靶点的无意义RNA序列作为对照,命名为CD38 CAR分子.将分子酶切并连接逆病毒载体包装质粒pMFG,获得pMFG-TOX-shR
目的 ·探讨口服益生菌对肝部分切除术患者术后感染和肝功能恢复的影响.方法 ·入组上海交通大学附属第一人民医院165例行肝部分切除术的患者,应用随机数字表将患者分为传统机械性肠道准备组(MBP组,n=55)、无肠道准备组(NBP组,n=55)和益生菌肠道准备组(PBP组,n=55).收集患者临床资料,包括基本信息,术后发热情况,排气排便时间,术后第1、3、5日感染指标和肝功能指标,并进行组间比较.结果 ·3组患者基本资料比较,差异均无统计学意义(均P＞0.05).术后第5日,PBP组患者白细胞计数显著低于M
目的 观察氟伐他汀(Flu)对高糖环境中培养的原代人脐静脉内皮细胞损伤的改善作用,并探讨其作用机制.方法 以原代人脐静脉内皮细胞为实验对象,并将其随机分为Flu+高糖组、Flu组、高糖组、对照组.Flu+高糖组在高糖培养基(含30.5 mmol/L葡萄糖的ECM培养基)中加入0.01、0.1、0.125、0.25、0.5、1.0μmol/L Flu处理12 h;Flu组在常规培养基中加入0.01、0.1、0.125、0.25、0.5、1.0μmol/L Flu处理12 h;高糖组于高糖培养基中培养24 h
目的 探讨血清神经调节蛋白1(NRG-1)、可溶性信号素4D(sSema4D)水平与老年急性失代偿性心力衰竭(ADHF)患者短期预后的关系.方法 选取225例老年ADHF患者为ADHF组,74例纽约心脏病协会(NYHA)分级Ⅰ～Ⅱ级老年CHF患者为CHF组,78例体检健康者为对照组.采用ELISA检测血清NRG-1、sSema4D,分析老年ADHF患者血清NRG-1、sSema4D水平与左心室射血分数(LVEF)、N末端B型钠尿肽前体(NT-proBNP)的相关性,采用多因素Logistic回归分析老年A
目的 ·研究非体外循环冠状动脉搭桥(off-pump coronary artery bypass surgery,OPCAB)患者术前糖化血红蛋白(hemoglobin A1c,HbA1c)水平与术后谵妄的关系,为进一步实施干预提供参考依据.方法 ·采用前瞻性研究,纳入上海交通大学医学院附属瑞金医院心脏外科收治的OPCAB手术患者364例,通过一般资料问卷、简易智力状态评估量表收集资料,通过ICU意识模糊评估量表、中文版3D-CAM谵妄量表评估术后谵妄.采用单因素分析,筛选出P＜0.05的谵妄的危险因素
目的 ·验证改良危重症营养风险(modified Nutrition Risk in the Critically Ill,mNUTRIC)评分在老年危重症患者营养风险评估及预测其临床预后中的作用.方法 ·使用mNUTRIC评分评估2020年10月-2021年2月入住上海交通大学附属第一人民医院综合重症监护室(intensive care unit,ICU)的老年患者,根据评估结果将患者分为高营养风险组和低营养风险组.对2组患者进行观察记录至转科、出院或死亡,分析不同营养风险患者的营养支持情况(包括营养支
目的 ·编制适用于我国骨科护士的深静脉血栓形成机械预防知信行问卷,并检验其信度和效度.方法 ·在文献回顾的基础上,结合骨科疾病和骨科护士的工作特点,编制深静脉血栓形成机械预防知信行问卷初稿.2020年1月,通过2轮专家函询对初稿条目进行论证和修改,形成深静脉血栓形成机械预防知信行问卷测试版.2020年3月,在江苏省13个市36家医疗单位620名骨科护士中进行测试.采用临界比值法和同质性检验进行项目分析;从内部一致性信度、折半信度、重测信度的角度进行信度分析;从内容效度和结构效度两方面进行效度分析.结果 ·
目的 ·通过对已有神经诱导方法BiSF的改进,提高人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cell,hiPSC)定向诱导分化为神经元的效率.方法 ·当hiPSC生长到75％融合度时启动诱导,在BiSF诱导方法的基础上加入BMP4抑制剂4-[6-(4-异丙氧基苯基)吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-基]喹啉(4-[6-[4-(1-methylethoxy) phenyl] pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl] quinoline,DMH1),镜下观
目的 ·探索增生性瘢痕消退成熟过程中,成纤维细胞是否发生自噬性溶解死亡.方法 ·收集上海交通大学医学院附属瑞金医院烧伤科2018年6月-2019年6月烧伤患者16例的瘢痕组织,分为增生组(对照组,8例)和消退组(试验组,8例)2组.采用透射电镜观察细胞组织内的自噬情况.体外分别培养2组患者的成纤维细胞.建立缺氧模型,分别于12、24、48 h时点收集细胞,采用透射电镜观察成纤维细胞的自噬情况.Calcein/PI荧光染料试剂盒检测活/死细胞的数量.免疫荧光显微镜下观察细胞的自噬和凋亡.流式细胞仪检测细胞凋