为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响，实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术，对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类（大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼）的肠道菌群进行16S rDNA V3～V4区测序分析。各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347个，上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元（OTUs），分类注释结果显示，这些OTUs可划归33门273属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群，约占总菌量的70%，在大黄鱼肠道菌群中，螺旋菌门细菌占比达26.19%，也是其主要优势菌群。在属分类水平上，芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明，Shannon多样性指数：黄姑鱼＞状黄姑鱼＞眼斑拟石首鱼＞＞大黄鱼，这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁。对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分析显示，大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、状黄姑鱼和，而黄姑鱼、状黄姑鱼和间的相似度较高。研究表明，5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在自身特色的核心菌群，肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似，说明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。本研究可为养殖石首鱼类饲料及益生制剂的开发、病害的防控等提供科学依据，并为宿主遗传因素对鱼类肠道菌群影响的研究提供相关实验证据。