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利用一对通用引物rDNA1／rDNA2扩增6个腐烂茎线虫供试群体的rDNA-ITS区域，获得序列长度不等的片段。Des-1、Des-2和Des-3群体扩增片断长度均为1130bp。而Des-5、Des-6和Des-7群体的扩增片段长度均为942bp，与以上群体相比，在ITS区具有一个188bp的缺失片段。序列比对后确定缺失片段位于ITS1区，而且该片段含有多个可重复小片段，这可能是造成碱基缺失的原因。根据遗传进化分析可将供试线虫分为两个大的群体。