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X射线显微术可直接在水环境中对胶体颗粒尺寸范围内的颗粒进行高分辨卒成像，将该项技术与高分辨率光谱相结合，还可用于光谱显微研究。其中，常用的两种X射线显微镜是透射显微镜和扫描透射屁微镜，文中示出了它们的装置图。由于X射线显微镜能迅速拍下一物体的高分辨率图像，所以，作为一种分析仪器，扫描X射线显微镜更适合作光谱显微研究。作为形态学目视化的一个示例，本文用一台透射X射线显微镜拍摄丁粘土和土壤样品的图像。根据X射线图像进行的低温层析实验所获得的图像得到了有关细菌构成的显微生存环境以及其它土壤胶状体的3D结构信息。