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学科是高校人才培养、科技创新和社会服务等的基础载体,体现了高校的发展战略与办学能力。在国家“双一流”建设战略背景下,地方高水平大学学科经费投入面临着效率和公平、优势与一般、局部与整体间的决策困境,制约着地方高水平大学学科建设的突破。文章结合南京工业大学学科建设投入一体化改革实践,分析地方高水平大学学科经费投入面临的困境及成因,提出地方高水平大学要加强学科经费投入“放管服”衔接力度,科学确定学科发展战略规划,构建学科经费投入一体化管理制度,创新学科经费投入一体化预算管理模式,保障、适应和促进学科发展