作为分解者，微生物在南亚热带原始森林湿地物质循环和能量流动中起着重要的作用。微生物在湿地中参与的生命和生物化学反应，是生态平衡的“稳定器”、物质循环的“调节器”、植物养分的“转换器”和环境污染的“净化器”。湿地中的微生物是陆地生态系统中重要的生命体，也是最活跃、最丰富的生物资源库，对其所在的微环境，微生物指标已被公认为湿地土壤生态系统变化的预警及敏感指标。对湿地微生物的研究不仅是探索生命的重要内容，同时也为许多超常物质的研究、开发提供了丰富的资源。项目通过季节性和空间采样，从分子遗传、功能基因及表达水平上系统研究了云南大围山原始森林湿地土壤微生物群落结构多样性、遗传基因多样性、代谢功能多样性的时空变化规律，并进一步寻找主要功能群微生物与C、N循环作用规律。研究湿地微生物遗传多样性在系统演化中的分子生物学证据；基因结构多样性在环境作用下的协同、调节和控制作用；与其生存环境达到平衡和稳定关系。从分子遗传、功能基因及表达水平上系统研究原始森林湿地微生物种类结构和分子多样性，寻找主要功能群微生物与C、N循环作用规律。研究结果对认识原始森林湿地，维护湿地生态平衡，监测污染，改善湿地生态环境及提高原始森林湿地生态修复、可持续发展和功能群微生物资源的开发利用提供科学依据。