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目的了解2014-2016年柳州地区重症手足口病肠道病毒A2型病原基因的特征。方法收集2014年1月至2016年12月手足口病重症儿童样本176份,提取病毒核酸,采用实时荧光逆转录-聚合酶链反应筛选,获得阳性病毒株。采用RT-PCR法扩增病毒5′UTR-VP4-VP2区序列,PCR阳性扩增产物进行测序,经Blast比对确定病毒基因型,并与国内外代表株进行核苷酸同源性比较,构建系统进化树。结果本研究共检出41株非CV-A16、非EV-A71毒株,其中25株病毒株为CV-A2型(25/41,61.0%)。同源性比对及系统进化分析显示,25株CV-A2型病毒株之间核苷酸同源性为76.8%~99.9%,与原始株CVA2Fleetwood同源性为64.6%~80.5%。结论 2014-2016年柳州市儿童重症手足口病CV-A2病毒成为非CV-A16、非EV-A71型别的重要病原,CV-A2型与原始株遗传距离较远,CV-A2型之间同源性较高且分布集中,构成一个独立的进化分支。需加强对CV-A2型肠道病毒株的持续监测和分子特征分析。