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采用12个随机引物对北海、三亚、厦门地区的光裸星虫进行RAPD分析，结果表明，光裸星虫北海、厦门、三亚种群平均多态位点比例分别为73．39％、84．20％和87．oO％，平均遗传多样性指数分别为0．2450、0．2958和0．2670。北海种群和三亚种群遗传距离（Dbs）为0．1225；北海种群与厦门种群的遗传距离（Dbs）为0．2947；三亚种群与厦门种群的遗传距离（Dsx）为0．2193。在聚类分析树上，厦门种群最先从聚类树上分支出来。OPH-02^-880和OPO-09^-510为厦门种群的特征性片