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反转录转座子通过RNA中间体进行反转录而转座，广泛分布于各种植物基因组中，拷贝数多，异质性高，在种内和种问表现出较高的序列差异性和丰富的插入多态性。针时这些特点，开发出了几种基于反转录转座子的分子标记，如SSAP、KIVP、IKAP、REMAP和RBIP等。由于反转录转座子标记能揭示出丰富的多态性，因而在遗传多样性和系谱研究、遗传连锁图谱构建及性状基因定位等方面得到了应用。随着分离技术的不断改进，获取序列信息更加容易，反转录转座子作为分子标记用于作物遗传育种将具有广阔前景。